Un día de estos estaba viendo una película MKV en mi MiniPCTV con Android 4.1 y abrí la película TPB AFK y aunque tenía los subtítulos .srt en la misma carpeta las opciones del reproductor de video no podía seleccionar mis subtítulos por lo que se me mostraban los subtítulos incrustados en el MKV.
Reparé en el detalle que el nombre del archivo de subtítulos no era el mismo que el nombre del archivo de la película por lo que renombré el archivo para que coincidiera (salvo la extensión por supuesto).
De este modo (tienen que coincidir):
Tpb.afk.2013.720p.mkv
Tpb.afk.2013.720p.srt
Funcionó como la seda ;)